Οι σπηλαιοβιολόγοι ταξινομούν τα είδη που συναντώνται στα σπήλαια σε τέσσερις βασικές κατηγορίες ανάλογα με τον βιολογικό τους κύκλο και τον ρόλο τους στο υπόγειο οικοσύστημα:
1. Οι τυχαίοι επισκέπτες είναι τα είδη που μπαίνουν σε υπόγειες κοιλότητες τυχαία. Αυτά, δεν μπορούν να επιβιώσουν στο σπηλαιόβιο περιβάλλον και είτε βγαίνουν, είτε παγιδεύονται εκεί και πεθαίνουν προσφέροντας οργανική ύλη στο οικοσύστημα.
2. Τα τρωγλόξενα είδη χρησιμοποιούν τα σπήλαια μόνο σαν χώρους φωλιάσματος. Αυτά τρέφονται στο εξωτερικό περιβάλλον και στο χρονικό διάστημα που βρίσκονται μέσα στα σπήλαια αφήνουν μεγάλες ποσότητες κοπράνων. Πολλά είδη πουλιών (αγριοπερίστερα, καλιακούδες, κουκουβάγιες, κ.ά.) και πολλά είδη θηλαστικών (τρωκτικά, πολλά είδη νυχτερίδων, κ.ά.)
3. Τα τρωγλόφιλα είδη που μπορούν και ολοκληρώνουν τον βιολογικό τους κύκλο είτε μέσα είτε έξω από τις υπόγειες κοιλότητες.
4. Τέλος τα τρωγλόβια είδη είναι αυτά που μπορούν να ζήσουν μόνο στο υπόγειο περιβάλλον. Απόγονοι μιας αρχέγονης πανίδας που υποχρεώθηκε από σφοδρές κλιματολογικές αλλαγές να εποικήσει το υπέδαφος, τα είδη αυτά, ανέπτυξαν ειδικές προσαρμογές που τους επιτρέπουν να ολοκληρώνουν τους βιολογικούς τους κύκλους σε ένα τόσο μονότονο και αφιλόξενο περιβάλλον. Τυφλά, άχρωμα και με λεπτούς εξωσκελετούς αλλά με υπερευαίσθητα απτικά και χημικά αισθητήρια, με μεγάλα άκρα για αποτελεσματική μετακίνηση, χώρις νυχθήμερους ή ετήσιους ρυθμούς και ικανά να επιζούν σε μεγάλες περίοδους ασιτίας, τα τρωγλόβια είδη είναι οι άρχοντες του υπόγειου κόσμου και ταυτόχρονα «φυλακισμένα» εκεί από την ίδια τους την φύση.
Η σπηλαιοβιολογική έρευνα στην Ελλάδα ξεκίνησε το 1862. Η υπάρχουσα βιβλιογραφία περιλαμβάνει 374 τίτλους για τα χερσαία σπηλαιόβια εάν προστεθούν και οι δημοσιεύσεις για τα υδρόβια είδη ο αριθμός υπερβαίνει αρκετά τους 400 τίτλους. Από τα μέσα του 19ου αιώνα έχουν δημοσιευθεί δεδομένα για πάνω από 600 είδη ζώων σε περίπου 280 σπηλιές του Ελλαδικού χώρου. Από αυτά, τα 230 είδη ήταν νέα για την επιστήμη!
Τα αδημοσίευτα δεδομένα είναι πολλαπλάσια ενώ πολύ περισσότερα πρόκειται να ανακαλυφθούν στο μέλλον. Η σπηλαιοβιολογική έρευνα προχωρά, έστω και με αργούς ρυθμούς, παρακάμπτοντας τις πολλές δυσκολίες και αποκαλύπτει ένα ξεχωριστό -ακραίο- τμήμα του τόσο ποικίλου φυσικού περιβάλλοντος της Ελλάδας.
Οι νυχτερίδες
Τα σπήλαια χρησιμοποιούνται από τις νυχτερίδες για μία μεγάλη ποικιλία δραστηριοτήτων. Πολλά είδη τα χρησιμοποιούν για τουλάχιστον μέρος της διαχείμανσής τους. Επίσης χρησιμοποιούνται ως χώροι ζευγαρώματος, αναπαραγωγής, ανάθρεψης των μικρών και διανυκτέρευσης.
Οι νυχτερίδες παράγουν τεράστιες ποσότητες κοπράνων γιατί κάθε βράδυ τρώνε τόση ποσότητα εντόμων όση και το βάρος τους. Όταν κατά τη διάρκεια της ημέρας, κοιμούνται κρεμασμένες από την οροφή του σπηλαίου, τυλίγονται με τα μεμβρανώδη φτερά τους για να περιορίσουν την απώλεια θερμότητας από το σώμα τους.
Στην Ελλάδα έχουν αναφερθεί μέχρι σήμερα 27 είδη νυχτερίδων. Από αυτές, οι περισσότερες περνούν ένα μεγάλο μέρος της ζωής τους σε σπήλαια και άλλες καρστικές μορφές. Δυστυχώς η μελέτη των νυχτερίδων στην Ελλάδα βρίσκεται σε πολύ χαμηλό επίπεδο και ελάχιστοι έλληνες ερευνητές έχουν ασχοληθεί μαζί τους.
Έτσι γνωρίζουμε πολύ λίγα πράγματα για την εξάπλωσή τους, τη βιολογία τους, την κατάσταση των πληθυσμών και τους κινδύνους που τις απειλούν. Μέχρι σήμερα έχει αναφερθεί στην επιστημονική βιβλιογραφία η παρουσία νυχτερίδων σε πάνω από 40 σπήλαια που βρίσκονται διεσπαρμένα σε όλη την Ελλάδα.